Der Spieler verbündet sich mit Machiavelli, um Florenz von der Unterdrückung des wahnsinnigen Mönchs Savonarola zu befreien, der über die Stadt herrscht, indem er sich die Gunst einiger einflussreicher Bürger gesichert hat. In über zehn fesselnden Erinnerungen springt, schleicht und sprintet der Spieler durch Florenz und wird einen gänzlich neuen Distrikt sowie eine neue Fähigkeit kennenlernen.