Erstmals werden in einem
Assassin's Creed Spiel Gefechte zu hoher See ausgetragen. Dieses neue Spielelement wird dabei keinesfalls im Hintergrund bleiben wie z. B. die beinahe überflüssige Flugmaschine in
Assassin's Creed 2, sondern sie sind wichtiger Bestandteil des gesamten Spiels. Das bestätigte Lead Writer
Corey May, der bereits seit Teil 1 für die Hintergrundgeschichte verantwortlich ist.
Ein oder zwei Seemissionen sollen den Spielern optional überlassen werden, durch die Belohnungen freigeschaltet werden können. Die meisten anderen Missionen auf See jedoch sollen fester Bestandteil der Hauptstory werden. Außerdem sollen sie auch "
eine Menge Spaß" machen, so May. Die für den Einbau der Seeschlachten zuständigen Entwickler hätten "
sich selbst übertroffen".
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